Alex de Leeuw, Marty de Zebra, Gloria het Nijlpaard en Melman de Giraffe proberen nog steeds hun weg terug te vinden naar New York. Natuurlijk zijn koning Julien, Maurice en de Pinguïns ook weer van de partij in dit doldwaze avontuur. De groep ontdekt de perfecte manier om onopgemerkt door Europa te reizen: samen met een circus dat ze helemaal omtoveren in Madagascar stijl. In de Nederlandse versie zullen Hans Somers (Alex de Leeuw), Laura Vlasblom (Gloria), Rogier Komproe (Marty de Zebra), Fred Butter (Melman de Giraffe), John Jones (Koning Julien), Murth Mossel (Maurice) opnieuw stemmen inspreken.